Hijo bastardo de Felipe IV de Austria (1629-1679). Visitó el sepulcro del apóstol Santiago en el año 1668. A pesar de que mostró gran devoción e implicación con la Iglesia compostelana, hay autores que no lo consideran peregrino en sentido estricto ya que su paso por la ciudad jacobea estaba relacionado con cuestiones militares.
Este político y militar había salido de la corte española para ponerse al frente del ejército y armada que estaba reuniéndose en A Coruña con destino a Flandes, por mandato de la reina Mariana de Austria. En el trayecto visitó el sepulcro del apóstol Santiago en Compostela, ciudad a la que llegó el 11 de abril de 1668, aunque era esperado antes, el 3 de marzo. Como personaje ilustre, recibió la bienvenida de una comisión del Cabildo compuesta por seis prebendados, precedidos de seis capellanes de coro y de los dos pincernas. Juan fue a A Coruña y, sin haber embarcado aún hacia Flandes, volvió el mes siguiente a Santiago, pues el 16 de mayo fue de nuevo cumplimentado por el Cabildo en la misma forma en la que lo había sido durante la primera visita.
En este momento, Juan de Austria sospecha que su cargo como comandante del ejército de Flandes es parte de una estrategia cortesana para apartarlo de la corte. Este plan de alejamiento era obra de la regente Mariana de Austria y Valenzuela para evitar que este fuera legitimado y pudiera participar en la Junta de Regencia de Carlos II. A partir de entonces, Juan José empezó a conjurar lo que le valió el destierro a Consuegra (Toledo) en agosto de 1688. [XIV]