Compositor y cantante (Santiago 1642-1711). Se conoce su biografía básica gracias a la investigación de José López Calo, quien le reconoce como el “sumo representante del barroco español”. Cursó sus primeros estudios musicales como niño de coro, en la misma villa navarra, bajo la dirección de Simón Huarte Arrizabalaga, y llegó a destacar como “cantor de gala”, primero como niño tiple de extraordinaria brillantez y habilidad belcantista, que después mantuvo excepcionales facultades como contralto. A partir de 1663 busca colocación como cantante en su tierra (Bilbao, San Sebastián, Victoria), parece que infructuosamente. Marcha entonces a Madrid, donde se produce un cambio en sus propósitos musicales, pues hasta entonces su objetivo parecía centrarse en el canto, y a partir de aquí se despiertan sus notables dotes para la composición.
Fue contratado por el Cabildo de Santiago sin oposición, solo por los informes que le avalaban y su fama de excelente compositor. Desde esa fecha cumple con plena satisfacción su labor de maestro de capilla durante casi treinta años, donde realizará muy pronto algunas de las primera composiciones al Apóstol.
López Calo le valora como vanguardista de su tiempo, por su modernidad e inspiración, y por cultivar todos los estilos musicales con maestría: la polifonía contrapuntística, la policoralidad y las obras solísticas, siempre con gran sentimiento expresivo y profunda religiosidad.
Aunque buena parte de su producción parece perdida, todavía quedan por fortuna composiciones de gran calidad e interés. La mayoría se encuentra en la catedral de Santiago: 5 misas, 17 salmos, 2 magnificats, 1 nunc dimitis, 19 motetes, 1 Oh admirabile, 7 lamentaciones de Semana Santa, 45 villancicos y 1 sonata a tres instrumentos; además de 3 villancicos en la catedral de Burgos y 1 en la de Valladolid. Dentro de sus obras, las más representativas son sus villancicos al apóstol Santiago.
Vaquedano llega a la capilla compostelana latiente aún la polémica sobre el patronazgo de España y la supresión del Voto de Santiago, resuelta en la instauración de la Ofrenda Nacional a Santiago como Patrón de España por Real decreto de Felipe IV del 9 de junio de 1643, que concede al Cabildo una renta anual que se entrega en la fiesta del 25 de Julio con toda pompa, reafirmando la economía compostelana y el apogeo de la catedral jacobea. Coincide con el esplendor barroco, que en lo arquitectónico llega de la mano de José Vega y Verdugo, y en lo musical, con la restauración de los órganos, y las composiciones de José de Vaquedano.
El ofertorio de la Misa Mayor del 25 de Julio viene siendo un momento señalado, pues en él se formaliza la Ofrenda Nacional, solemnizada con un villancico a Santiago compuesto para la ocasión e interpretado por la capilla de música como forma de rubricar que la Ofrenda tiene pleno sentido, con la música al Apóstol como escenario de excepción.
El 25 de Julio de 1681 será el primero que la catedral escuche la música de José de Vaquedano. También se estrena su villancico Al Apóstol más excelso, obra de magnífica factura, que corona el momento con un despliegue polifónico a tres coros, uno de ellos orquestal y doblando el primero, pero desde emplazamientos distintos de la catedral, lo que crea un diálogo estereofónico de sorprendente relieve acústico. Comienza así: